16个重大工程和示范建设省（区）均建立了以省级人民政府主要领导为组长、相关部门领导共同参加的领导小组或联席会议制度，多数省（区）在项目所在县（市）也相应成立了工程前线指挥部等项目组织管理机构。如黑龙江将项目建设与管理权交给地方政府，形成了项目立项审批与建设管理“两权分离”管理体制；湖北、宁夏实行项目市（县）资格动态管理制度，将建设资金的投入与市、县政府推进重大工程和示范建设的工作绩效相挂钩，实行末位警告等制度。

  在重大工程和示范建设实施过程中，一些地方努力扩大农民的知情权、参与权和决策权，着力解决农民最关心的生产生活和土地权属问题，充分调动了农民参与的积极性。江西要求项目县（市）的村级集体组织推选德高望重的村民作为成员，成立项目理事会和质量监督小组，带领项目所在地农民主动参与项目实施管理和质量监督等相关工作；湖南要求在项目区每个村民小组中聘请1~2名农民代表作为工程质量监督员，并积极鼓励施工单位吸纳一定比例的当地农民参与工程建设，最大限度地让农民获益。

  土地整治与农业现代化发展实现了更紧密结合。湖北、宁夏、黑龙江等省（区）注重将重大工程和示范建设作为提高农业产业化水平的契机，在政府统一领导和统筹规划下，调整土地利用结构布局，鼓励发展适度规模经营，积极引入农业龙头企业，实现了政府、企业和农户的多方共赢。